Ο θυρεός της ΣΜΥΝ καθιερώθηκε το 1981, μαζί με την καθιέρωση της Σχολής ως Ενιαίας Παραγωγικής Σχολής Μονίμων Υπαξιωματικών του ΠΝ (ΠΔ υπ’ αριθμ. 1338/10-12-81). Οι εικονιζόμενες επ’ αυτού παραστάσεις έχουν την ιστορική τους ρίζα, στο 1ο θυρεό της πρώην Σχολής Ναυτοπαίδων, με το Διάταγμα της 19ης Ιουνίου 1886 «περί Συστάσεως Ειδικών Ναυτικών Σχολών προς Εκπαίδευση : Αρμενιστών, Οιακιστών (τότε Πηδαλιούχων, μετέπειτα Σηματωρών) και Πυροβολητών». Ο σημερινός θυρεός είναι ο τρίτος στη σειρά, από την εποχή της Σχολής Ναυτοπαίδων. Ο 1ος είχε το επίγραμμα «Σχολή Ναυτοπαίδων», ενώ ο 2ος «ΣΔΥΝ» (Σχολή Δοκίμων Υπαξιωματικών Ναυτικού).
Ο 3ος είναι ο σημερινός θυρεός της ΣΜΥΝ και οι έπ’ αυτού εικονιζόμενες παραστάσεις συμβολίζουν τις τρεις πρώτες ειδικότητες των πρώτων μονίμων Υπαξιωματικών της πρώην Σχολής Ναυτοπαίδων:
- Η άγκυρα του Αρμενιστή, ως σύμβολο της Ναυτικής ισχύος της Ελλάδας.
- Το πηδάλιο του Οιακιστού (Πηδαλιούχου), ως σύμβολο της καλής και ασφαλούς πορείας και διεύθυνσης σε ευγενείς στόχους και αρχές.
- Τα δύο διασταυρούμενα πυροβόλα του Πυροβολητού, ως σύμβολο της δύναμης του πυρός, της αποφασιστικότητας και της ετοιμότητας για την προάσπιση της πατρίδας.
