Ο θυρεός της ΣΜΥΝ καθιερώθηκε το 1981, μαζί με την καθιέρωση της Σχολής ως Ενιαίας Παραγωγικής Σχολής Μονίμων Θυρεός ΣΜΥΝΥπαξιωματικών του ΠΝ (ΠΔ υπ’ αριθμ. 1338/10-12-81). Οι εικονιζόμενες επ’ αυτού παραστάσεις έχουν την ιστορική τους ρίζα, στο 1ο θυρεό της πρώην Σχολής Ναυτοπαίδων, με το Διάταγμα της 19ης Ιουνίου 1886 «περί Συστάσεως Ειδικών Ναυτικών Σχολών προς Εκπαίδευση : Αρμενιστών, Οιακιστών (τότε Πηδαλιούχων, μετέπειτα Σηματωρών) και Πυροβολητών». Ο σημερινός θυρεός είναι ο τρίτος στη σειρά, από την εποχή της Σχολής Ναυτοπαίδων. Ο 1ος είχε το επίγραμμα «Σχολή Ναυτοπαίδων», ενώ ο 2ος «ΣΔΥΝ» (Σχολή Δοκίμων Υπαξιωματικών Ναυτικού).
Ο 3ος είναι ο σημερινός θυρεός της ΣΜΥΝ και οι έπ’ αυτού εικονιζόμενες παραστάσεις συμβολίζουν τις τρεις πρώτες ειδικότητες των πρώτων μονίμων Υπαξιωματικών της πρώην Σχολής Ναυτοπαίδων :
Η άγκυρα του Αρμενιστή, ως σύμβολο της Ναυτικής ισχύος της Ελλάδας.
Το πηδάλιο του Οιακιστού (Πηδαλιούχου), ως σύμβολο της καλής και ασφαλούς πορείας και διεύθυνσης σε ευγενείς στόχους και αρχές.
Τα δύο διασταυρούμενα πυροβόλα του Πυροβολητού, ως σύμβολο της δύναμης του πυρός, της αποφασιστικότητας και της ετοιμότητας για την προάσπιση της πατρίδας.
