Η γενική διάρθρωση της οργάνωσης της Σχολής Μονίμων Υπαξιωματικών Ναυτικού (ΣΜΥΝ), έχει την ακόλουθη δομή προκειμένου να ανταποκριθεί στην ιδιαιτερότητα της λειτουργίας της, ως Ναυτική Υπηρεσία και ως Ακαδημαϊκό Ίδρυμα της Ανώτερης Τριτοβάθμιας Εκπαίδευσης:

  • Διοικητής
  • Επιτελείο
  • Συμβούλιο Αξιωματικών Επιτηρητών
  • Εκπαιδευτικό Συμβούλιο
  • Διδακτικό Προσωπικό
  • Δόκιμοι Υπαξιωματικοί

Οι δραστηριότητες του Επιτελείου, διακρίνονται σε δύο κυρίους τομείς, με τις ακόλουθες γενικές αρμοδιότητες:

  • Τη διοίκηση και εκπαίδευση των Δοκίμων.
  • Τη λειτουργία της ΣΜΥΝ ως Ν. Υπηρεσία.